Органами управління Гарантійного фонду є загальні збори учасників Гарантійного фонду, Адміністративна рада Гарантійного фонду та Дирекція Гарантійного фонду (далі - Дирекція).
Вищим органом Гарантійного фонду є загальні збори учасників Гарантійного фонду. У період між проведенням загальних зборів учасників Гарантійного фонду вищим органом управління Гарантійного фонду є Адміністративна рада Гарантійного фонду.
Адміністративна рада координує роботу Гарантійного фонду щодо захисту інтересів поклажодавців та володільців складських документів на зерно, власників зернових складів - учасників (тимчасових учасників) Гарантійного фонду, здійснює контроль і нагляд за діяльністю Гарантійного фонду, приймає рішення в межах своїх повноважень і несе відповідальність за виконання покладених на Гарантійний фонд завдань та здійснення ним своїх функцій.
Управління поточною діяльністю Гарантійного фонду здійснює Дирекція.
Контроль за діяльністю Гарантійного фонду здійснює Ревізійна комісія.
Ст 58 ЗУ Про зерно та ринок зерна в Україні зі змінами 2024 рік №37-IV від 04.07.2002, редакція від 24.07.2021
Структура акту