1. Національний фонд досліджень України очолює голова, якого обирає зі свого складу наукова рада фонду та який призначається на посаду Кабінетом Міністрів України.
2. Кандидатуру на посаду голови Національного фонду досліджень України погоджує наглядова рада фонду. У разі непогодження наукова рада подає іншу кандидатуру.
3. Забезпечення координації та контролю за діяльністю Національного фонду досліджень України здійснює наглядова рада, функції якої покладаються на Науковий комітет Національної ради України з питань розвитку науки і технологій.
4. Колегіальним органом управління Національного фонду досліджень України є наукова рада, на яку покладається, зокрема, науково-експертне та науково-методичне забезпечення діяльності фонду. Члени наукової ради Національного фонду досліджень України виконують свої обов’язки на громадських засадах.
5. Дирекція Національного фонду досліджень України здійснює технічну та організаційну підтримку проведення та організації конкурсів. Дирекція здійснює свою діяльність відповідно до положення, яке розробляє і затверджує наукова рада, та підпорядковується Раді Національного фонду досліджень України. Виконавчий директор та дирекція Національного фонду досліджень України щорічно проходять процедуру підтвердження довіри з боку наукової ради фонду.
6. Порядок формування та взаємодії органів управління фонду визначається Положенням про Національний фонд досліджень України.
Ст 52 ЗУ Про наукову і науково-технічну діяльність зі змінами 2024 рік №848-VIII від 26.11.2015, редакція від 12.01.2022
Структура акту